MR-MEGA

metalとMR-MEGAをやっておけばいいらしい。

Mandatory columns
1) MARKERNAME – snp name
2) EA – effect allele
3) NEA – non effect allele
4) OR - odds ratio
5) OR_95L - lower confidence interval of OR
6) OR_95U - upper confidence interval of OR
7) EAF – effect allele frequency
8) N - sample size
9) CHROMOSOME - chromosome of marker
10) POSITION - position of marker

BETAのSEからORのSEを求めるには
https://www.andrewheiss.com/blog/2016/04/25/convert-logistic-regression-standard-errors-to-odds-ratios-with-r/
を参考にして

OR = exp(BETA)
BETA_95CIL = BETA - 1.96 * BETASE
BETA_95CIU = BETA + 1.96 * BETASE
OR_95CIL = exp(BETA_95CIL)
OR_95CIU = exp(BETA_95CIU)

なお、plink2で以下のコマンドで確認できる

plink2 \
  --pfile ./GWAStutorial \
  --ci  0.95  \
  --glm  cols=beta,se,ci,p \
  --out ./testassoc.beta

plink2 \
  --pfile ./GWAStutorial \
  --ci  0.95  \
  --glm  cols=orbeta,ci,p \
  --out ./testassoc.or

注意: orbetaとseを指定してもseはBETAのSEを返す。