locuszoom

使いたい。まず、マーカー名とp-valueからなるmetal形式のインプットファイルを作る
echo -e “MarkerName\tP-value” > …/tmp/GWAStutorial.metal

tail  -n  +2 ../dat/assoc/GWAS.assoc | \
sed  -E  "s/ +/\t/g" | sed  -E  "s/^\t//" | \
awk '{print "chr"$1":"$3"\t"$9}'  >> ../tmp/GWAS.metal

input.metal

みたいにする。列名は必要で、これあれば指定なしに読み込んでくれる。rs noがなくても、chr1:721290の形式にしておけばin placeで表示してくれる。
base positionで領域を指定したい場合

locuszoom \
  --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \
  --chr chr9 --start 210000000 --end 230000000

Markernameで指定したい場合

locuszoom \
  --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \
  --refsnp rs12565286 --flank 500kb

Genenameで指定したい場合

locuszoom \
  --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \
  --refgene ABCA1 --flank 500kb

~~すげー遅い~~

hanajori