LDpred

plinkio-0.9.6.tar.gz
six-1.11.0.tar.gz
Cython-0.29.tar.gz
pkgconfig-1.4.0.tar.gz
ld-0.5.0.tar.gz

これらを

pip install --user library.tar.gz

でインストール

h5pyをビルドする際に文字コードがasciiであることが支障となったのでpython起動の際に文字コードが変換されるように

import sys
sys.setdefaultencoding('utf-8')

というファイルを

$HOME/.local/lib/python2.7/site-packages/sitecustomize.py

に配置。

さらにhdf5(1.8.4)をローカルでビルドしてインストール

./configure --prefix=$HOME/local
make
make install

h5pyをビルドする際にhdf5_hl.h, を見つけられないので

export CPATH=CPATH:$HOME/local/include
export LDFLAGS=-L$HOME/local/lib
pip install --user h5py-2.8.0tar.gz

これでh5pyがビルドされ、インストールされる。

pythonからh5pyを呼ぶさいにlibhdf5.soを見つけられないので

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/local/lib

を発行しておく。

hanajori