Rsq

某ソフトウェアで頻用されるRsqという値について

$\frac{var(\theta)}{\rho(1-\rho)}$

と説明がある。ここで$\theta$はimputed dosageのベクトル、$\rho$はminor allele frequencyである。この計算をRでやると

Rsq = var(theta)/(rho*(1-rho))

とおもったらRのvarは不偏分散を使うので値が合わない（こら）。

Rsq = sum((theta - mean(theta))^2)/(rho*(1-rho))

ですね。