vcfのINFOのparse
ワンライナー
extract () {
cat $1 | awk -v regex="$2=([-|.|e|0-9]+);" \
'{match($8, regex, arr);\
if(length(arr)==0){print "NA"} else {print arr[1]}}
'
}
とかにするとよろしい。for var in AC AF AN BaseQRankSum ; do
extract oreno.vcf $var > $var.txt
done
たぶん遅い。
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