shellでエラー処理 リンクを取得 Facebook × Pinterest メール 他のアプリ - 6月 25, 2018 hogeという関数を実行してエラーした時だけfugaという関数を適応したいとする hoge || fuga でいける。とても簡単。 ぎゃくに、hogeが成功した時だけfugaを実行するためには hoge && fuga で良い。 リンクを取得 Facebook × Pinterest メール 他のアプリ コメント
Inverse-normal transformation - 4月 18, 2018 Inverse normal transformationとは正規分布しないデータをランク変換してそのランクを正規分布の累積分布関数で変換すること。変換後の値は正規分布する。Rでやると qnorm((rank(x)-0.5)/length(x)) となる。正規分布しない量的形質に正規性を持たせるためにこのような処理を行う。 BMIを目的とし、年齢・性別・バッチでで補正してQTLをしたい場合、まずlmで残差を計算して、この残差をInverse normal transformationして形質として回帰分析を行う。 res = lm(BMI〜Age+Sex+Batch)$residuals std_res = qnorm((rank(res)-0.5)/length(res)) のような感じ。 バラ色の解決策でもない様子 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19526352 Previous »
smartPCA - 5月 02, 2018 pupulation geneticsではPCAをよく使う。外れサンプルの検出や集団構造化の補正など。使い方メモ。 まず、Plink形式のファイルからEIGENSTRAT形式に変換しないといけない。それぞれのファイルの対応は以下の通り。 hoge.bed = fuga.geno hoge.fam = fuga.ind hoge.bim = fuga.snp これを変換するソフト convertf というソフトが同梱されていて、以下のような変換ファイルを食べさせて変換させることができる。 bed2eigen.par genotypename: hoge.bed snpname: hoge.bim indivname: hoge.fam outputformat: EIGENSTRAT genotypeoutname: fuga.geno snpoutname: fuga.snp indivoutname: fuga.ind familynames: NO convertf -p bed2eigen.par こうするとfuga.geno/fuga.snp/fuga.indができる。次にPCAするときは同様に.parファイルを作る。 eigen2pca.par genotypename: fuga.geno snpname: fuga.snp indivname: fuga.ind evecoutname: piyo.evec evaloutname: piyo.eval smartpca -p eigen2pca.par こうすると各サンプルの固有値の記載された piyo.eval と固有ベクトルの記載された piyo.evec が得られる。 さらにプロットするperlのスクリプトまでついており、 perl ploteig \ -i piyo.evec \ -c 1:2 \ -s ../out/myplot \ -x で ../out/myplot.pdf などが出力される。オプションは bed2eigen.par や eigen2pca.par ファイルに記載すれば良い。fuga.indファイルに人種情報を入れておくと自動で色分けしてくれたりして楽しいが通常のfamファイルは人種情報を保持できないため後から自分でindフ... Previous »
SnpEff - 4月 04, 2018 Javaで書かれている。何も書かれていないVCFファイル(test.chr22.vcf)を処理する。 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO 22 17071756 . T C . . . 22 17072035 . C T . . . 22 17072258 . C A . . . 22 17072674 . G A . . . 22 17072747 . T C . . . 22 17072781 . C T . . . 22 17073043 . C T . . . 22 17073066 . A G . . . 22 17073119 . C T . . . 以下のスクリプトで処理すると java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > test.chr22.ann.vcf こうなる ##SnpEffVersion="4.3t (build 2017-11-24 10:18), by Pablo Cingolani" ##SnpEffCmd="SnpEff GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf " ##INFO=<ID=ANN,Number=.,Type=String,Description="Functional annotations: 'Allele | Annotation | Annotation_Impact | Gene_Name | Gene_ID | Feature_Type | Feature_ID | Transcript_BioType | Rank | HGVS.c | HGVS.p | cDNA.pos / cDNA.length | CDS.pos / CDS.length | AA.pos / AA.length | Distance | ERRORS / WARNINGS / INFO' "> ##INFO=<ID=LOF,Numbe... Previous »
コメント
コメントを投稿