rmarkdown on mac

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気合いをいれてエントリを作りましたが大変簡単でした。

$ brew install pandoc

$ R
> install.packages("rmarkdown")
> render("my_first_rmarkdown.rmd")

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使いたい。まず、マーカー名とp-valueからなるmetal形式のインプットファイルを作る echo -e “MarkerName\tP-value” > …/tmp/GWAStutorial.metal tail -n +2 ../dat/assoc/GWAS.assoc | \ sed -E "s/ +/\t/g" | sed -E "s/^\t//" | \ awk '{print "chr"1":"3"\t"$9}' >> ../tmp/GWAS.metal input.metal Markername P-value rs11111 0.01 rs22222 0.02 chr1:123456 0.5 みたいにする。列名は必要で、これあれば指定なしに読み込んでくれる。rs noがなくても、 chr1:721290 の形式にしておけばin placeで表示してくれる。 base positionで領域を指定したい場合 locuszoom \ --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \ --chr chr9 --start 210000000 --end 230000000 Markernameで指定したい場合 locuszoom \ --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \ --refsnp rs12565286 --flank 500kb Genenameで指定したい場合 locuszoom \ --metal input.metal --build hg19 --pop ASN --source 1000G_March2012 \ --refgene ABCA1 --flank 500kb すげー遅い
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